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Étant donné la relative inexpérience de Bush dans le domaine des relations internationales, la politique étrangère des États-Unis fut, sous sa présidence, en grande partie élaborée par de hauts responsables dont plusieurs avaient auparavant servi dans l'administration de son père : ainsi du vice-président Cheney (comme secrétaire à la Défense), de la conseillère à la Sécurité nationale Condoleezza Rice (en tant que membre du Conseil de sécurité nationale) et des secrétaires adjoints Paul Wolfowitz et Richard Armitage ; de même, le secrétaire d'État Colin Powell avait exercé les fonctions de chef d'état-major des armées sous le mandat de Bush père de 1989 à 1993. Powell, dont Bush était un admirateur de longue date, fut le premier choix du président pour diriger le département d'État mais le secrétaire à la Défense Donald Rumsfeld, qui avait déjà occupé ce poste sous la présidence de Gerald Ford, joua également un rôle essentiel sur toutes les questions relatives à la sécurité nationale. Rumsfeld et Cheney, qui se connaissaient bien pour avoir travaillé ensemble du temps de l'administration Ford, s'affirmèrent comme les principaux architectes de la politique étrangère américaine au cours du premier mandat de Bush. En novembre 2002 fut créé le département de la Sécurité intérieure afin d'accroître la lutte contre le terrorisme. Le premier responsable de ce ministère fut Tom Ridge en janvier 2003, lequel fut remplacé en 2005 par Michael Chertoff.
Sources : fr.wikipedia.org
Hostile à la guerre d'Irak et aux réductions d'impôts voulues par Bush, qui risquaient selon lui d'aggraver le déficit, le secrétaire au Trésor O'Neill quitta le gouvernement et fut remplacé par John W. Snow en février 2003 ; quant à Powell, frustré entre autres par le déclenchement de la guerre en Irak, il démissionna à l'issue des élections de 2004. Son ministère fut relevé par Condoleeza Rice qui dut abandonner son poste de conseiller à la sécurité nationale au profit de Stephen Hadley, son ancien adjoint. La plupart des conseillers de Bush furent maintenus dans leurs fonctions après le scrutin de 2004 même si Spellings intégra le cabinet en tant que secrétaire à l'Éducation et que Gonzales succéda à Ashcroft en tant que procureur général. Au début de l'année 2006, Andrew Card, de plus en plus contesté en interne, démissionna à son tour à la suite d'une controverse liée au rachat de ports américains par Dubai Ports World ; son successeur fut Joshua Bolten. Ce dernier dépouilla Karl Rove de certaines de ses attributions et persuada Henry Paulson, président de la banque Goldman Sachs, d'intégrer le cabinet en qualité de secrétaire au Trésor à la place de Snow. En novembre 2006, dans la foulée des élections de mi-mandat remportées par les démocrates, Rumsfeld démissionna de son poste de secrétaire à la Défense qui fut confié à l'ancien directeur de la CIA Robert Gates.
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Ces remaniements furent profitables à la secrétaire d'État Rice dont l'influence s'accrut au sein du gouvernement et qui joua un rôle central dans la formulation de la politique étrangère tout au long du second mandat de Bush. En 2007, l'ancien juge fédéral Michael Mukasey fut nommé au département de la Justice à la suite des départs de Gonzales et de Rove dont la décision de renvoyer plusieurs procureurs avait suscité la polémique.
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À l'issue du scrutin présidentiel de 2004, bon nombre d'observateurs s'attendaient à ce que le juge en chef William Rehnquist, vieillissant, démissionne de la Cour suprême des États-Unis. Pour le remplacer, le vice-président Cheney et la conseillère auprès de la Maison-Blanche Harriet Miers évoquèrent les noms de deux conservateurs très respectés, John G. Roberts, Jr., juge de la cour d'appel pour le circuit du district de Columbia, et Michael Luttig, juge du quatrième circuit. En juin 2005, la juge Sandra Day O'Connor annonça de manière inattendue son retrait de la Cour et Bush nomma Roberts pour combler cette vacance dès le mois suivant. Lorsque Rehnquist mourut en septembre, le président songea brièvement à élever le juge assesseur Antonin Scalia au poste de juge en chef mais se ravisa en définitive pour Roberts. La nomination de ce dernier fut confirmée au Sénat par 78 voix contre 22, l'ensemble des sénateurs républicains et une faible majorité de démocrates s'étant exprimés en sa faveur. Le siège laissé par O'Connor étant de nouveau vacant, l'administration Bush souhaitait désigner une femme au sein de la Cour mais n'en trouva aucune qui satisfît à ses exigences. Bush jeta finalement son dévolu sur Miers, qui n'avait jamais exercé la fonction de juge mais avait travaillé comme avocate d'entreprise et au sein du personnel de la Maison-Blanche. Sa nomination se heurta immédiatement à un tir de barrage des conservateurs et des progressistes qui n'étaient pas très au clair sur ses convictions idéologiques et pointaient son manque d'expérience dans le domaine judiciaire.
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